Эта ошибка бывает просто выводит.

Много разных пречитал способов решения, к примеру:
http://www.freewayprojects.com/2011/11/solving-the-your-branch-is-ahead-of-originmaster-by-x-commits-issue-after-pulling-using-git/

Но все оказалось проще: git commit -a -m «.»